1990 aastal sai Lennart Merist Edgar Savisaare valitsuses välisminister. Ta taastas head kontaktid Läänega ning kohtus sealsete kõrgete riigitegelastega.
Augustiputshi ajal oli Lennart Meri Soomes ning tegutses seal Eesti Vabariigi taastunnustamise nimel.
1992 aastal lahkus ta välisministri ametikohalt ja sai ajaks Eesti Vabariigi suursaadikuks Soomes. Sama aasta sügisel kandideeris ta ka Eesti presidendiks. Esimeses voorus kaotas Lennart Meri suurelt Arnold Rüütlile, kuid pääses teise vooru ning sai seal valituks. Temast sai esimene demokraatlikult valitud Eesti president.
1996 aastal valiti ta teiseks ametiajaks tagasi.
Presidendina tegi Lennart Meri palju Eesti tutvustamiseks maailmale. Ta sai tuntuks teravmeelsete ütluste ja humoorikate tegudega, mis on leitavad raamatust ”Meie Lennart”.
1998 aastal valis Prantsusmaa ajaleht La Vie Lennart Mere aasta eurooplaseks.
Oma viimasel ametisolekuaastal 2001 jagas ta kunagistele poliitvangidele ja küüditatule üle kogu Eesti Murtud Rukkilille märke.Pärast presidendiametist loobumist jätkas Lennart Meri aktiivset ühiskondliku tegevust, pidas loenguid ja kõnesid ning suhtles välisriikide esindajate ning ka lihtsate Eesti inimestega.
