Selgus, et 2006. aastal müüs ülikool kortereid ca 335 000 krooni eksperthinnangust odavamalt ning eelmise aasta esimesel poolaastal lausa 552 000 krooni alla turuhinna. Näiteks ühel juhul müüdi korter 128 000 krooni võrra odavamalt kui eksperdihind ja seda isikule, kes töötas ülikooli haldusdirektori büroos 11-kuulise käsunduslepingu alusel.

Müügitehingute auditeerimisel tuvastas riigikontroll erinevaid praktikaid müügihinna määramisel. Näiteks oli korterikomisjon otsustanud, et ühe korteri müügihinnaks peaks olema 940 000 krooni. Seejärel pöördus ostja (ostetava korteri üürnik, ülikooli haldusdirektori vastutusalas töötav töötaja) avaldusega haldusdirektori poole, kes oli ühtlasi korterikomisjoni esimees, sooviga alandada müügihinda seoses parendustega, mis ta oli korteris teinud.

Avaldusele olid lisatud hinnapakkumised viimistlustööde tegemise ning köögimööbli ehitamise kohta, kuid arveid ega maksekorralduste koopiaid esitatud polnud. Hinnapakkumistes toodud tööde maksumuse õigsust käisid kohapeal kontrollimas kolm ülikooli haldusosakonna töötajat, kelle koostatud akti arvesse võttes tegi haldusosakonna juhataja haldusdirektorile ettepaneku vähendada korteri müügihinda 160 000 krooni võrra ja müüa see hinnaga 780 000 krooni. Nii saigi. 2006. aastal müüs ülikool neli ja eelmise aasta esimesel poolaastal kaheksa korterit.

Tartu Ülikooli rektor Alar Karis vastas etteheidetele, et osad korterid olid kinnisvarafirmade poolt soovitava müügihinnaga olnud müügis aasta ja kauem ning mitut korterit üritas ülikool müüa tulutult korduvatel enampakkumistel. Kõik see aeg seisid korterid tühjana, kuni lõpuks andis ülikool ühe korteri üürile ning kahe korteri puhul alandas müügihindasid.

Riigikontrollile ei meeldinud ka, et Tartus Küütri 4 asuv 138,7 m² suuruse netopinnaga hoone müüs ülikool 2005. aastal 150 000 krooni eest ühele äriühingule, kuigi vaid paar kuud varem oli kinnisvarahindaja selle hoone turuväärtuseks hinnanud vähemalt 480 000 krooni.

Veel leidis riigikontroll, et ülikool on sõlminud endale kahjulikke rendilepinguid. Näiteks OÜga Tartu Tehnoloogiapark sõlmitud kahe lepingu kohaselt kohustus ülikool üürnikuna rendilepingu ülesütlemise korral tasuma üüri alates lepingu ülesütlemise päevast kuni 2 aastat seni, kuni Tehnoloogiapark leiab pindadele uue üürniku. Ruutmeetri eest maksis ülikool renti 171 krooni ning maksimaalne võimalik kahju lepingu lõpetamisest oleks olnud 21,6 miljonit krooni.