Kohus on olnud vaidluste keskpunktis pärast seda, kui see tühistas märtsis toimunud parlamendivalimiste esialgsed tulemused, vahendab uudistekanal BBC.
President Keita ütles laupäeval, et ei salli sellist vägivalda.
Oponendid, kes kutsuvad teda ametist tagasi astuma, pole rahul Mali pikaajalise džihadistide konflikti, majanduskriisi ja vaidlusaluste valimiste käsitlemisega.
Konservatiivse imaami Mahmoud Dicko juhitud uus opositsiooniliit on nõudnud edasisi reforme pärast Mali presidendi varasemate järeleandmiste tagasilükkamist. Viimane tegi opositsioonile ettepaneku ühtsusvalitsuse moodustamiseks.
"Olen otsustanud kehtetuks tunnistada ülejäänud konstitutsioonikohtu liikmete litsentsid," ütles president oma kõnes.
"See kohtu de facto laialisaatmine võimaldab meil alates järgmisest nädalast paluda asjaomastel ametivõimudel nimetada uued liikmed, et reformitud kohus saaks kiiresti aidata meil leida lahendusi seadusandlikel valimistel tekkinud vaidlustele," lisas ta.
Laupäeva hommikul kõnelenud peaminister Boubou Cissé ütles, et tema ja president on avatud kõnelustele ning lubasid moodustada kõikehõlmava valitsuse "väga kiiresti".
"Panen paika valitsuse, mille eesmärk on olla valmis praeguste väljakutsete lahendamiseks," ütles ta Radio France Internationalile.
Opositsioonijuhtide sõnul võtsid julgeolekujõud aga meeleavaldusel kinni kaks protestijuhti, Choguel Kokala Maïga ja Mountaga Talli. Veel üks protestijuht Issa Kaou Djim võeti kinni reedel.
"Lisaks ründasid ja rüüstasid julgeolekujõud meie peakorterit," väitis opositsiooniliidu pressiesindaja Nouhoum Togo.